Comment séquence-t-on un génome ?

Ici, je teste mon absence de talent de vulgarisateur. Sans autre préambule, voici comment on séquence des génomes.

Oubliez les technologies de séquençage à l’aveugle qui nécessitent des milliers de cultures de bactéries ! De nos jours, le séquençage ressemble de plus en plus à ce que l’on voit dans les films (à l’exception du Hulk de Ang Lee, qui présentait une version très archaïque du séquençage). Voici, grossièrement, les étapes du séquençage à l’aveugle (méthode old school).

1. On extrait l’ADN génomique.


2. On le brise en fragments plus petits.


3. On clone les fragments dans des bactéries (un genre de copier-coller, mais en très chiant). On fait pousser les clones. Cette étape requiert des centaines, voire des milliers de cultures bactériennes !


4. Les fragments introduits dans chaque clone sont séquencés un par un.

Aujourd’hui, le séquençage à haut-débit permet d’éliminer les étapes qui demandaient le plus de travail ! Voici comment on fait :

1. On extrait l’ADN génomique.


2. On le brise en fragments plus courts.


3. On prépare la librairie pour le séquençage. Ça se passe généralement dans un seul tube…


4. On sacre le tout dans une machine qui s’occupe de séquencer les millions de fragments d’ADN.


5. On prépare du café, beaucoup de café.

L’étape finale du séquençage d’un génome est l’assemblage des millions de fragments, que l’on doit comparer et ordonner, afin reconstruire la séquence du génome qu’on étudie. Bref, un casse-tête de plusieurs centaines de milliers de pièces. Matériel requis : un ordi super puissant avec beaucoup de mémoire et de processeurs, des logiciels à la fine pointe de la bio-informatique et beaucoup, beaucoup de café.

Visionnez les vidéos suivant pour plus d’info :

An Interview With Cofactor Genomics from Grant Essig on Vimeo.